Current data collected by the Hamburg Surveillance

Here you can find current data on the spread of SARS-CoV-2 variants in Hamburg, collected by the Hamburg Surveillance Platform (in German):

27.06.2022: Update der Hamburg Surveillance Plattform HHSuRV zur Verbreitung von SARS-CoV-2-Varianten in Hamburg

PDF Download des Berichts vom 27.06.2022

In der Kalenderwoche 24 (KW24, 13.06.2022-19.06.2022) betrug der mittels qualifizierter PCR nachgewiesene Prozentsatz der VOC (variant of concern / besorgniserregende Variante) Omikron unter 166 untersuchten Stichproben aus Hamburg 100%. Davon waren 43 Proben (rund 26%) der Untervariante BA.2 zuzuordnen. Bei den übrigen 123 Proben (rund 74%) besteht Verdacht auf das Vorliegen von BA.4 oder BA.5. Die abschließende Bestätigung dieser Ergebnisse durch Gesamtgenomsequenzierung steht noch aus.

Diese Ergebnisse weisen auf die fortgesetzte Ausbreitung der BA.4- und BA.5-Subtypen in der Metropolregion hin. Es muss davon ausgegangen werden, dass diese Entwicklung unmittelbar mit dem erneuten Anstieg der Fallzahlen in Zusammenhang steht. Sowohl BA.4 wie auch BA.5 besitzen zusätzliche Mutationen (u.a. die Fluchtmutation S:L452R), welche diesen Linien einen Wachstumsvorteil gegenüber anderen Omikron-Untervarianten wie BA.1 oder BA.2 vermitteln.

Die PCR-Ergebnisse aus der Vorwoche (KW23) konnten durch die Gesamtgenom-Sequenzierung weitestgehend bestätigt werden. Der relative BA.5-Anteil unter den erfolgreich sequenzierten Proben aus KW23 lag bei rund 52% (siehe Abbildung und Tabelle 1), der von BA.4 bei 9%. Die übrigen Proben wurden der BA.2-Linie zugeordnet (39%). Wie bereits in der Vorwoche wies eine der BA.2-Proben zusätzlich die S:L452R Mutation auf, d.h. dieselbe Mutation, welche die BA.4- und BA.5-Linien auszeichnet. Weiterlesen

Abbildung: Entwicklung des prozentualen Anteils verschiedener Abstammungslinien in SARS-CoV-2-positiven Proben aus Hamburg. Die farbig markierten Flächen geben den durch Sequenzierung ermittelten Anteil der rechts aufgeschlüsselten VOCs wieder. Der Anteil der derzeit als unter Beobachtung stehende Varianten (VOIs, variants of interest) eingestuften Abstammungslinien sowie anderer Varianten mit einer oder mehrerer der in Tabelle 2 aufgeführten Fluchtmutationen ist durch die dunkelgrau markierte Fläche wiedergegeben. Die hellgraue Fläche stellt alle anderen Abstammungslinien dar. Die Abbildung beruht auf der Untersuchung von insgesamt 11.216 bis zum Ende der Kalenderwoche 23 gesammelten Proben.

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Prof. Adam Grundhoff (Leitung FG Virus Genomik & TP NGS)

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