Methoden

Genomik, Transkriptomik und Epigenomik

• Short-read und long-read Hochdurchsatz-Sequenzierung
• Bulk- und Einzelzellanalyse der viralen und zellulären Transkription (z.B. RNA-seq, scRNA-seq, small-RNAseq, dRNA-seq, PRO-seq, CAGE-seq)
• Bulk- und Einzelzellanalyse von Chromatinzugänglichkeit (ATAC-seq, scATAC-seq)
• Hochauflösende Profilierung n Chromatin-assoziierten Proteinen und Histonmodifikationen (z.B. ChIP-seq, CUT&Tag)
• Genomweite Analyse der DNA-Methylierung (z.B. EM-seq, ONT DNAm-seq)
• Untersuchung der 3D-Chromatin-Konformation (z.B. Hi-C, HiCuT)

Fortgeschrittene Bildgebung

• Hochauflösende Fluoreszenzmikroskopie fixierter und lebender Zellen
• Einzelmolekül-/Einzelepisom-Imaging und Tracking in lebenden Zellen (z.B. SunSeT System)
• KI-gestützte quantitative Analyse des räumlich-zeitlichen Verhaltens von Virusgenomen und Chromatin

Experimentelle Virologie und Molekularbiologie

• Experimentelle Infektions- und Latenzmodelle für Herpes- und Polyomaviren
• Manipulation und funktionelle Störung von viralen und zellulären Genomen, Chromatin oder Genprodukten (z.B. verschiedene CRISPR-Systeme, Degron-Tags)
• Molekulare Analyse der viralen Genexpression, Latenz und Reaktivierung
• Konventionelle molekular- und zellbiologische Methoden zur Unterstützung dieser Systeme

Fortgeschrittene Infektionsmodelle

• Konventionelle 2D-Zellkultur-Infektionssysteme (etablierte Zelllinien und Primärzellen)

• 3D-Infektionsmodelle, einschließlich menschlicher Organoide

   

Klinische Metagenomik

• Hypothesenfreie metagenomische Next-Generation-Sequenzierung (mNGS) direkt aus klinischem Material
• Nachweis bekannter und bisher unbekannter Pathogene
• Sequenzierung und Analyse kompletter Pathogen-Genome
• Bioinformatische Taxon-Klassifikation und Pathogenidentifizierung

Bioinformatik und computergestützte Genomik

• Entwicklung maßgeschneiderter bioinformatischer Pipelines und Software
• Analyse komplexer Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatensätze
• Analyse von viralen und Wirtsgenomen, Transkriptomen und Epigenomen
• Integration von Multi-Omik-Datensätzen
• Metagenomische Pathogenidentifizierung und -klassifizierung
• Assemblierung viraler Genome und Variantenanalyse